Op Pinksterdag 1631 vindt de eerste kerkdienst plaats in de Westerkerk. Het is de tijd na de Alteratie. De Rooms-Katholieke kerk, met haar rijke versieringen, heeft plaats gemaakt voor kerken met een sobere inrichting. De Westerkerk is daarvan een goed voorbeeld. Die soberheid heeft ook gevolgen voor het orgelspel. Het orgel wordt door protestanten bestempeld als ‘Satans fluitenkist’. Bij de kerkelijke synode in 1574 komt er dan ook een verbod op orgelspel. Het Woord is belangrijk. Een mooie illustratie daarvan is de prominente plaats van de preekstoel. Die staat midden in de kerk: op zonnige dagen valt het licht op de opengeslagen preekstoelbijbel.

Een protestantse kerk wordt in die tijd dus opgeleverd zonder orgel. Tijdens de kerkdienst mag er wel worden gezongen, ‘gedegen en eerbiedige’ gemeentezang. Maar het is niet om aan te horen: mensen zingen vals, door elkaar heen of beginnen lukraak ergens te zingen. Zonder orgelbegeleiding wordt het niks met de samenzang. Daarom geven de magistraten van de stad Amsterdam uiteindelijk toestemming tot het plaatsen van een orgel. En als er dan toch een orgel komt, willen ze daarmee wel meteen goede sier maken. Het moet een symbool van rijkdom worden. Zo wordt ‘Satans fluitenkist’ het meest uitbundige element van de kerk.

In 1680 krijgt orgelbouwer Johannes Duyschot (1645-1725) de opdracht een orgel te bouwen. De oplevering vindt plaats in 1686. Sindsdien is het orgel met enige regelmaat gerestaureerd. Of, wat ook wel gebeurt, herbouwt naar de muzikale smaak van de tijd. De laatste restauratie wordt gedaan door de Firma Flentrop, tussen 1989 en 1992. Hierbij is niet alleen authenticiteit van belang, maar ook optimale gebruiksmogelijkheden met het oog op de gangbare muziekpraktijk in de Westerkerk.

In 1963 heeft Flentrop al een koororgel gebouwd voor de begeleiding van de cantatediensten die sinds 1952 maandelijks in de Westerkerk worden gehouden. Dit orgel komt goed van pas ter vervanging van het hoofdorgel tijdens de restauratie.