Al tijdens de vroege middeleeuwen ontstaan in Spanje en Portugal bloeiende Joodse gemeenschappen. Vanaf 711 staat het Iberisch schiereiland onder islamitische heerschappij waarin Joden als een gelijkwaardige bevolkingsgroep meedoen in de samenleving. Deze Spaanse en Portugese Joden worden ook wel Sefardische Joden genoemd, naar het Hebreeuwse woord voor Spanje, Sefarad. Aan het einde van de vijftiende eeuw komt een bruut einde aan deze periode door de verdrijving van de Ottomanen door christelijke vorsten. Andere religies worden niet meer getolereerd en vervolgd. De Inquisitie verdrijft en vermoordt Joden of dwingt hen zich te bekeren tot het christendom. Spaanse en Portugese Joden slaan massaal op de vlucht, onder andere naar de Republiek der Nederlanden.

De eerste Sefardische Joden vestigen zich vanaf 1600 in Amsterdam. De gemeenschap houdt diensten in kleine huissynagogen. Drie afzonderlijke Sefardische gemeenten fuseren in 1639 tot de Kahal Kadosj Talmoed Tora ofwel de Portugees-Israëlietische Gemeente. Omdat de Sefardische gemeenschap snel groeit, besluit het bestuur in 1670 om een grote, majestueuze synagoge te laten bouwen.

Op 2 augustus 1675 vindt de feestelijke inwijding van de Portugese Synagoge plaats. In dit boekje staan de preken die tijdens de inwijding worden uitgesproken door onder anderen chacham Isaac Aboab da Fonseca, chacham Solomon de Oliveira en chacham Isaac Saruco. Door de toevoeging van gedetailleerde gravures van het interieur en verschillende plattegronden van de nieuwe synagoge, gemaakt door graveur Romeyn de Hooghe (1645-1708), is het een waardevol aandenken. Ook de kosten van de bouw en de begunstigers worden in het boekje genoemd. Architect en bouwmeester Elias Bouman (1636-1686) maakt het uiteindelijke ontwerp voor de synagoge.

De Portugese Synagoge bestaat uit een hoofdgebouw met daaromheen bijgebouwen voor kantoren, een ruimte voor het wassen en verzorgen van overledenen, een mikve (ritueel bad), vergaderruimte voor de parnassim (bestuursleden van de gemeente), een kleinere synagogeruimte voor gebruik bij kleine diensten en tijdens de winterperiode en het seminarium Talmoed Tora met de bijbehorende bibliotheek, tegenwoordig Bibliotheek Ets Haim – Livraria Montezinos.

Tijdens de eredienst in de synagoge leest men uit de Tora vanaf een verhoogd platform, de teba genoemd. Over de teba wordt dit unieke kleed (manta) gelegd. Het is vervaardigd van kostbare stoffen uit India en gedecoreerd met bloemmotieven en medaillons. Waarschijnlijk is dit kleed ook tijdens de inwijding van de Portugese Synagoge gebruikt. Het wordt daarom ook wel het inwijdingskleed genoemd.